Marek Sikora podobně jako jeho kamarád Filip Seman hokejově vyrůstal v Havířově, kde ovšem na rozdíl od svého spoluhráče vydržel víceméně až do sezóny 2009/2010, kdy po krachu havířovské klubu zamířil do Kadaně. Již v mládežnickém věku sbíral urostlý útočník body a bylo jasné, že se bez problémů prosadí i do prvoligového týmu Panterů.
Svůj první start si připsal v sezóně 2006/07 a celkem potom odehrál 44 zápasů. Nejplodnější sezónou pro šikovného útočníka byl ročník 2008/09, kdy celkem nastřádal 24 bodů. Po svém přesunu na sever Čech, stihl Marek Sikora zejména zápasy play off. V nich ukázal svůj potenciál a v devíti zápasech si připsal šest bodů.
Možná i proto jej pro ročník 2010/2011 převeleli z Kadaně do Chomutova, kde již od přípravy urostlý útočník přesvědčoval, že se jednalo o správný tah. Celkem v sezoně odehrál urostlý centr devětatřicet zápasů a připsal si 24 bodů. V dalších letech patřil ke stabilním článkům sestavy, na jaře 2012 pomohl k návratu chomutovského hokeje mezi tuzemskou elitu, kde on osobně debutoval hned v prvním kole následující sezony doma proti Kometě Brno 13. září 2012. O pět dní později v Pardubicích vstřelil první extraligový gól a ještě rozhodl samostatné nájezdy.
Sezóna Klub Z G A B TM 2001-02 Havířov - dor (E, p-out) 12 3 0 3 30 Havířov - dor (E) 34 8 7 15 32 2002-03 Havířov - dor (E) 35 17 18 35 135 Havířov - dor (E, p-out) 12 5 6 11 16 Havířov - jun (E) 2 0 0 0 0 2003-04 Havířov - jun (E) 17 0 4 4 4 2004-05 Havířov - jun (E) 46 11 6 17 56 Havířov - jun (E, p-o) 3 1 0 1 0 2005-06 Havířov - jun (E) 38 13 19 32 101 2006-07 HC Orlová (2. liga) 1 1 0 1 4 Havířov (1. liga) 44 3 5 8 34 2007-08 Havířov (1. liga) 35 2 5 7 26 Havířov (1. liga, p-o) 4 1 0 1 4 HC Orlová (2. liga) 7 3 2 5 4 2008-09 Havířov (1. liga) 44 11 13 24 77 Havířov (1. liga, p-o) 3 1 1 2 2 2009-10 Havířov (1. liga) 27 11 8 19 50 SK Kadaň (1. liga) 2 0 1 1 2 SK Kadaň (1. liga, p-o) 9 3 3 6 6 2010-11 KLH Chomutov (THC) 3 1 1 2 6 SK Kadaň (1. liga) 9 7 1 8 14 KLH Chomutov (1. liga) 28 4 14 18 18 KLH Chomutov (1. liga, p-o) 11 5 1 6 16 2011-12 Piráti Chomutov (1. liga) 48 14 14 28 50 Piráti Chomutov (1. liga, p-o) 19 2 3 5 14 Piráti Chomutov (baráž) 7 0 1 1 10 2012-13 Piráti Chomutov (E) 49 4 6 10 34 Piráti Chomutov (E, p-out) 6 2 2 4 8 Piráti Chomutov (baráž) 12 3 2 5 37 2013-14 Piráti Chomutov (E) 37 1 3 4 59 Piráti Chomutov (E, p-out) 5 0 1 1 2 Piráti Chomutov (baráž) 9 0 0 0 18 SK Kadaň (1. liga) 1 0 0 0 0 2014-15 SK Kadaň (1. liga) 11 2 8 8 8 Piráti Chomutov (1. liga) 12 2 3 5 4 Piráti Chomutov (1. liga, p-o) 4 0 0 0 2 Piráti Chomutov (baráž) 2 0 0 0 0 Celkem za Chomutov 249 37 50 87 272 Celkem v extralize 97 7 12 19 103