Štěpán Lukeš pochází z Kadaně a je bratrem extraligového útočníka Františka. Do Chomutova přišel v létě 2010 do mladšího dorostu, jemuž na jaře 2012 pomohl k zisku historického českého titulu. Mládežnické zlato si na krk pověsil ještě dvakrát mezi juniory v letech 2014 a 2015. V prvním případě pak odletěl také na Světový pohár do Ufy, kde naskočil do třetího souboje v základní skupině proti domácímu Tolparu.

První seniorský zápas odchytal ještě coby devatenáctiletý v dresu druholigového Klášterce nad Ohří na ledě Klatov, kde 17. prosince 2015 v rámci 22. kola nezabránil porážce 1:4. Také ve druhé nejvyšší soutěži debutoval Štěpán Lukeš během porážky. Ve středu 21. září 2016 naskočil v Benátkách nad Jizerou v desáté minutě a po druhé třetině pustil do branky znovu Strmeně. Farma Pirátů se v šestém kole domů vracela s porážkou 3:8. O necelý měsíc později, konkrétně 5. října, chytal někdejší mládežnický reprezentant WSM ligu poprvé od začátku až do konce, jenže Kadaň derby v Mostě prohrála 2:3.

V létě 2017 odešel Jan Strmeň do Třince a Štěpán Lukeš si díky povedené přípravě vybojoval pozici dvojky za Jánem Lacem. Zkušený slovenský bard pustil mladého parťáka do branky poprvé ve 23. minutě duelu 14. kola v Olomouci. Extraligový debut tak bratr litvínovského útočníka Františka absolvoval 17. října 2018, kompletně celé střetnutí odchytal o tři později doma s Mladou Boleslaví. Premiérová výhra v nejvyšší soutěži přišla o další dva dny později doma s Pardubicemi. Prosincový přesun Jána Laca do pražské Sparty znamenal pro Štěpána Lukeše pozici týmové jedničky, 7. ledna 2018 pak také první extraligovou nulu doma se Zlínem a 28. února 2018 úvodní asistenci mezi tuzemskou elitou.

Statistiky

Sezóna   Klub                                   Z  Min.   OG  Zás. Prům.     % SO
2010-11  Piráti Chomutov – SD (E)               1    16    1   10  3,75  90,91  0
         Piráti Chomutov – MD (E)              33  1727  109  846  3,79  88,59  0
2011-12  Piráti Chomutov – SD (E)               5   255   15  129  3,53  89,58  0
         Piráti Chomutov – MD (E)              26  1450   57  573  2,36  90,95  1
         Piráti Chomutov – MD (E, záv. tur.)    5   300   16  176  3,20  91,67  1
2012-13  Piráti Chomutov – jun. (E)             1    60    6   38  6,00  86,36  0
         Piráti Chomutov – SD (E)              20  1066   58  495  3,26  89,51  0
2013-14  Piráti Chomutov – jun. (E)             3   180    7   79  2,33  91,68  0
         Piráti Chomutov – SD (E)              32  1843   80  789  2,60  90,79  2
         Piráti Chomutov – SD (E, p-o)          4   250    7   92  1,68  92,93  1
2014-15  Piráti Chomutov – jun. (E)            30  1611   73  764  2,72  91,28  2
         Piráti Chomutov – jun. (E, p-o)        9   540   19  284  2,11  93,73  0
2015-16  HC Klášterec nad Ohří (2. liga)        1    60    –    –  4,00    –    –
         Piráti Chomutov – jun. (E)            23  1339   53  609  2,37  91,99  4
         Piráti Chomutov – jun. (E, p-o)        7   413   20  209  2,91  91,27  0
2016-17  SK Kadaň (WSM liga)                    7   390   24  216  3,69  90,00  0
         SK Kadaň (WSM liga, p-out)             3   188    6   71  1,91  92,21  1
         HC Klášterec nad Ohří (2. liga)        4   240    –    –  2,25    –    –
2017-18  Piráti Chomutov (E)                   31  1648   71  684  2,59  90,60  1
         Piráti Chomutov (E, p-out)             4   198   14   63  4,24  81,82  0
         SK Kadaň (WSM liga)                    8   439   37  199  5,06  84,32  0
2018-19  Piráti Chomutov (E)                   12   652   38  261  3,50  87,29  0
         Piráti Chomutov (E, p-out)             1    60    4   33  4,00  89,19  0
         SK Trhači Kadaň (Chance liga)         13   760   73  536  5,76  88,01  0
         HC Slovan Ústí n/L (Chance liga)       6   344   23  183  4,01  88,84  0
2019-20  Mountfield HK (E)                      8   225   15   99  4,00  86,84  0
         Piráti Chomutov (Chance liga)          1    60    2   32  2,00  94,12  0
         HC Stadion Litoměřice (Chance liga)    6   358   17  164  2,85  90,61  0
         HC ZUBR Přerov (Chance liga)           1    60    1   18  1,00  94,74  0
Celkem za Chomutov                             49  2618  129 1073  2,96  89,27  1 

Reprezentace:
2011-12  Česká republika U17                   13   707   34  281  2,89  89,21  0
         Česká republika U16                    2   130    8   36  3,69  81,82  0
2012-13  Česká republika U18                    2    54    6   27  6,67  81,82  0
2015-16  Česká republika U20                    2   120    6   56  3,00  90,32  1