S chomutovským dresem se před sezonou rozloučili pouze obránci Jan Liška, jenž odešel do Mělníku a Michal Novák, ten zamířil do druholigového Klášterce nad Ohří. Místo nich získal trenér Přecechtěl dva ostřílené hráče. Na roční hostování z Kadaně přišel Martin Štelcich. Tento třiatřicetiletý bek již v Chomutově působil v sezonách 1994/95 a 1996/97. Tím druhým byl olomoucký kanonýr Radek Šíp. Šanci dostalo také trio odchovanců Lukáš Zika, Milan Babka a Hynek Práchenský. Přípravné období na severu Čech absolvovali také dva hráči z bývalého Sovětského svazu. Byli jimi pětadvacetiletý obránce Sergej Černobajev ze Spartaku Moskva a o sedm let starší brankář Alexej Jemeljanov. “Hodně si slibujeme od Černobajeva, neboť ruská hokejová škola produkuje výborné beky,“ řekl chomutovský sportovní manažer František Branda. Zatímco Jemeljanov angažmá nezískal, s výkony obránce byli trenéři spokojeni. Oba hráči se však vrátili domů. "Černobajev totiž nemá žádné občanství, takže mu zatím nemůžeme dát smlouvu. Až si všechny náležitosti vyřídí, slíbil, že se vrátí," řekl Branda. K tomu ale nedošlo a hráč se už nikdy v Chomutově neobjevil.

Kromě běžných přípravných utkání absolvoval Chomutov také exotický turnaj v Jižní Korei. Zájezdu se zúčastnilo dvacet hráčů a sedm členů doprovodu ve složení: vedoucí výpravy František Branda, lékař Mudr. Jiří Beran, trenéři Kamil Přecechtěl a Milan Fiedler, kustod Roman Karel, překladatelka Kamila Nováková a rozhodčí Oldřich Brada, který byl delegován ČSLH. "Pamatuji si, jak jsme v dobách totality jezdili na turnaje do Německa, Švýcarska nebo Francie, a proseděli jsme čtrnáct dní v autobuse. Navíc se již taková šance navštívit Asii nemusí opakovat, může se alespoň stmelit parta," uvažoval trenér Přecechtěl. Veškeré náklady spojené se zájezdem hradila firma Hyundai. V rozmezí 10. – 20. srpna odehráli chomutovští hokejisté celkem sedm utkání. Třikrát porazili korejský tým Hyundai Oil Bankers 8:1, 13:2 a 8:1. Dále si poradili s Halla Wi Nia 8:0, Dongwon Dreams 18:3 a japonským Nippon Paper Cranes 6:3. Jediný, kdo českého zástupce na turnaji dokázal porazit byl ruský celek CSC RAF, se kterým Chomutov prohrál 1:4.

Vstup do ligového ročníku 1999/2000 Severočechům vyšel náramně. V prvním zápase porazili Třebíč 2:0 a poté zvítězili v Šumperku 2:1. Ve třetím kole zažil chomutovský zimní stadion hokejový svátek. Přijela totiž kdysi slavná Dukla Jihlava. Domácí se ale slavného soupeře nezalekli a před 3 000 diváků zvítězili 4:1. Poté se ze zámoří vrátil chomutovský odchovanec David Hájek, který se okamžitě zařadil do obranné dvojice s urostlým Petrem Martínkem. Mladý bek navíc zaujal svými výkony trenéra Holíka, jenž ho později pozval na juniorské mistrovství světa, kde čeští hokejisté získali zlaté medaile. Na začátku října došlo mezi týmy KLH Chomutov a Stadion Liberec k výměně brankářů. Pod Ještěd se stěhoval Pavel Falta a opačným směrem zamířil jeho jmenovec Pavel Maláč. Oba hokejisté změnili působiště nejprve na měsíční hostování. Když se ale tento tah oběma klubům osvědčil dohodly se na prodloužení hostování do konce sezony.

Chomutov nadále působil suverénním dojmem. Za zmínku stojí zejména vítězství v Prostějově 2:8, na domácím ledě se Šumperkem 9:1 a 8:3, s Pískem 9:4 apod. Severočeši navíc drželi domácí neporazitelnost až do 36. kola, kdy podlehli Mělníku 2:3. Ve 39. kole si Jihlava odvezla z Krušných hor vysokou porážku 7:3, o kterou se postaral hlavně Radek Šíp, jenž vstřelil čtyři branky. Chomutovští hokejisté si tak s předstihem zajistili postup do play off z prvního místa.

Ve čtvrtfinále play off přešel Chomutov přes Opavu, když jí dovolil pouze jedno vítězství. V semifinále porazil Mělník, neoblíbeného soupeře ze základní části, až nečekaně hladce 3:0 na zápasy a postoupil do finále. Tam se střetl s již zmiňovanou jihlavskou Duklou. Díky lepšímu umístění po základní části začínal Chomutov sérii na domácím ledě. První dvě utkání vyhrál hladce 5:2 a 6:0 a zdálo se, že o soupeři Vítkovic v baráži bylo rozhodnuto. Jenže finálová série nabrala nečekaný vývoj. Moravané také stoprocentně využili domácího prostředí a po výhrách 2:0 a 6:2 bylo jasné, že se rozhodne až v pátém duelu na severu Čech. Už několik hodin před utkáním stály před zimním stadionem fronty netrpělivých diváků. Do ochozů se jich nakonec vtěsnalo neuvěřitelných 8 000, z čehož část tvořili jihlavští fanoušci. Společně dokázali vytvořit atmosféru, jakou chomutovský stadion dlouho nepamatuje a na kterou asi jen tak nezapomene. Samotné utkání začalo lépe pro hosty, které už ve 4. minutě poslal do vedení Cihlář. Chomutov vyrovnal ve druhé třetině Gombárem, ale za minutu se opět prosadil Cihlář a Jihlava vedla 1:2. V úvodu poslední třetiny opět vyrovnal na 2:2 Mikšovic. Jenže Jihlava se také do třetice dostala do vedení po brance Polcara. Domácí už přes vytrvalý tlak nedokázali Sáblíka překonat, naopak v poslední minutě pojistil hostům vítězství Hodek. Po skončení zápasu se příznivci Dukly vrhly na ledovou plochu a spolu se svými hrdiny oslavovali postup do baráže.

Chomutovští hráči se cítili, jako když se dlouho drží na čele maratónského běhu a v cílové rovince je někdo předstihne. Prožili báječnou sezonu se smutným koncem. Finále je o štěstí. Do baráže o extraligu postoupila Jihlava, takový je sport. Teď už vidím naše účinkování v první lize úplně jinak, než bezprostředně po posledním zápase. Sezonu hodnotím kladně, druhé místo je veliký úspěch,“ řekl předseda chomutovského klubu Pavel Beneš. „Také si myslím, že sezona byla velice úspěšná, vyhráli jsme základní část a finálová série s Jihlavou měla vysokou úroveň,“ připojil se trenér Kamil Přecechtěl. Kapitán mužstva Petr Martínek se na finálovou sérii podíval také z druhé strany: „Naši příznivci vyprodali stadion, byli báječní, na podobnou atmosféru do smrti nezapomenu.“

Tabulka 1. DZ ligy 1999-00

 1. KLH Chomutov             40   25    4   11   141: 81   54
 2. SK HS Třebíč             40   24    4   12   146: 99   52
 3. HC Dukla Jihlava         40   18   12   10   108: 90   48
 4. IHC Písek                40   18   10   12   127:108   46
 5. HC Senators Rosice       40   17   11   12   107:109   45
 6. HC berounští medvědi     40   14   11   14   136:113   41
 7. HC 99 TL Mělník          40   18    5   17   116:120   41
 8. HC Slezan Opava          40   15   10   15   106:102   40
 9. SK Kadaň                 40   17    6   17   113:110   40
10. HC Prostějov             40   14    9   17   125:157   37
11. HC Stadion Liberec       40   14    8   18   103:120   36
12. HC Kometa Brno           40   15    3   22   112:141   33
13. SHC Jindřichův Hradec    40   14    1   25   102:135   29
14. HC Draci Šumperk         40    8    2   30    98:155   18     

Play off 1999-00

čtvrtfinále
Chomutov – Opava       3:1 na zápasy   (5:1, 5:2, 1:3, 3:1)
Jihlava – Beroun       3:0 na zápasy   (4:3sn, 1:0p, 4:2)
Písek – Rosice         3:1 na zápasy   (5:2, 5:3, 5:6p, 3:2)
Třebíč – Mělník        2:3 na zápasy   (3:2p, 7:0, 4:5, 1:3, 2:4)

semifinále
Chomutov – Mělník      3:0 na zápasy   (5:3, 3:0, 2:0)
Jihlava – Písek        3:0 na zápasy   (2:1, 4:1, 3:0)

finále
Chomutov – Jihlava     2:3 na zápasy   (5:2, 6:0, 0:2, 2:6, 2:4)

baráž o extraligu
Vítkovice – Jihlava    4:0 na zápasy   (3:0, 3:1, 3:2, 2:1p)

Celkové kanadské bodování KLH Chomutov

                           Z     G     A     B
 1. Kamil Koláček         47    27    30    57
 2. Petr Jíra             52    24    27    51
 3. Martin Ťupa           52    11    33    44
 4. Jiří Gombár           52    15    25    40
 5. Radek Šíp             51    20    19    39
 6. Stanislav Stavenský   44    20    11    31
 7. Stanislav Mikšovic    49     9    19    28
 8. Petr Martínek         50     9    17    26
 9. Ladislav Boušek       47     9    15    24
10. Martin Jor            49     5    18    23
11. Martin Štelcich       44     5    12    17
12. Richard Bauer         50     4    11    15
13. Pavel Mošna           48     6     7    13
14. Robert Plaček         49     5     8    13
15. David Hájek           40     1     8     9
16. Daniel Branda          9     5     3     8
17. Viktor Hübl            8     2     4     6
18. Milan Babka           32     2     3     5
19. Martin Znojemský      34     0     5     5
20. Petr Altrichter        9     0     4     4
21. Jiří Kopecký          23     1     1     2
22. Vojtěch Kubinčák       1     0     0     0
23. Lukáš Slavík           1     0     0     0
24. Luděk Frýba            4     0     0     0
25. Hynek Práchenský       7     0     0     0
26. Lukáš Zika            18     0     0     0

Brankáři KLH Chomutov

                           Z   Min.   Zás.   OB   Prům.   %Z
 1. Pavel Maláč           28   1573   711    45   1,61   94,05
 2. Kamil Jarina          27   1523   679    55   2,04   92,51
 3. Pavel Falta            1     20     5     3   9,00   62,50
 

Výsledky KLH Chomutov

1. kolo – 12. 9. 1999
Chomutov – Třebíč 2:0 (0:0, 1:0, 1:0) 
B: Jíra, Boušek

2. kolo – 15. 9. 1999
Šumperk - Chomutov 1:2 (1:0, 0:2, 0:0)
B: Jor, Mošna

3. kolo – 19. 9. 1999
Chomutov - Jihlava 4:1 (1:0, 2:0, 1:1)
B: Mošna 2, Jíra, Gombár

4. kolo – 22. 9. 1999
Kometa Brno - Chomutov 3:2 (1:1, 0:1, 2:0)
B: Mošna, Šíp

5. kolo – 26. 9. 1999
Chomutov – Jin. Hradec 4:1 (0:0, 0:1, 4:0)
B: Koláček, Ťupa, Mikšovic, Šíp

6. kolo – 29. 9. 1999
Opava - Chomutov 3:1 (1:0, 0:0, 2:1)
B: Stavenský

7. kolo – 3. 10. 1999
Chomutov – Prostějov 7:2 (2:1, 2:1, 3:0)
B: Gombár 2, Boušek, Plaček, Mikšovic, Stavenský, Jíra

8. kolo – 6. 10. 1999
Písek - Chomutov 4:1 (1:0, 3:1, 0:0)
B: Ťupa

9. kolo – 10. 10. 1999
Chomutov – Mělník 5:1 (2:0, 2:0, 1:1)
B: Stavenský, Ťupa, Jíra, Gombár, Babka

10. kolo – 13. 10. 1999
Rosice - Chomutov 4:4 (1:1, 0:2, 3:1)
B: Koláček 2, Stavenský, Gombár

11. kolo – 17. 10. 1999
Chomutov – Beroun 3:3 (0:2, 1:0, 2:1)
B: Koláček, Mikšovic, Gombár

12. kolo – 20. 10. 1999
Liberec - Chomutov 1:1 (1:0, 0:1, 0:0)
B: Jíra

13. kolo – 24. 10. 1999
Chomutov – Kadaň 4:1 (0:0, 2:1, 2:0)
B: Jíra 2, Šíp, Branda

14. kolo – 31. 10. 1999
Třebíč - Chomutov 2:1 (2:0, 0:0, 0:1)
B: Ťupa

15. kolo – 3. 11. 1999
Chomutov - Šumperk 9:1 (4:0, 2:0, 3:1)
B: Martínek 2, Stavenský 2, Jíra, Gombár, Šíp, Mikšovic, Plaček

16. kolo – 7. 11. 1999
Jihlava - Chomutov 2:1 (1:1, 1:0, 0:0)
B: Koláček

17. kolo – 10. 11. 1999
Chomutov – Kometa Brno 6:0 (2:0, 1:0, 3:0)
B: Koláček 2, Martínek, Hübl, Branda, Ťupa

18. kolo – 21. 11. 1999
Jin. Hradec - Chomutov 1:2 (0:2, 1:0, 0:0)
B: Branda, Koláček

19. kolo – 24. 11. 1999
Chomutov – Opava 4:1 (2:0, 0:1, 2:0)
B: Branda, Jíra, Martínek, Ťupa

20. kolo – 28. 11. 1999
Prostějov - Chomutov 2:8 (0:1, 1:3, 1:4)
B: Stavenský 2, Šíp 2, Gombár, Jíra, Koláček, Kopecký

21. kolo – 1. 12. 1999
Chomutov – Písek 5:3 (0:2, 0:0, 5:1)
B: Šíp 2, Branda, Stavenský, Koláček

22. kolo – 5. 12. 1999
Mělník - Chomutov 3:2 (1:2, 0:0, 2:0)
B: Martínek, Jíra

23. kolo – 8. 12. 1999
Chomutov – Rosice 4:2 (1:1, 1:1, 2:0)
B: Šíp 2, Ťupa, Bauer

24. kolo – 12. 12. 1999
Beroun - Chomutov 1:1 (1:0, 0:0, 0:1)
B: Hübl

25. kolo – 15. 12. 1999
Chomutov - Liberec 2:1 (1:0, 1:0, 0:1)
B: Koláček, Jor

26. kolo – 19. 12. 1999
Kadaň - Chomutov 0:3 (0:0, 0:2, 0:1)
B: Jíra 2, Jor

27. kolo – 5. 1. 2000
Šumperk - Chomutov 2:4 (1:3, 1:1, 0:0)
B: Stavenský, Jíra, Martínek, Štelcich

28. kolo – 9. 1. 2000
Chomutov – Kometa Brno 4:1 (2:0, 2:0, 0:1)
B: Ťupa, Plaček, Štelcich, Šíp

29. kolo – 12. 1. 2000
Mělník - Chomutov 3:2 (2:1, 1:1, 0:0)
B: Koláček, Stavenský

30. kolo – 16. 1. 2000
Chomutov - Liberec 5:2 (2:0, 1:1, 2:1)
B: Bauer 2, Koláček 2, Ťupa

31. kolo – 19. 1. 2000
Chomutov - Beroun 2:1 (1:1, 1:0, 0:0)
B: Stavenský, Ťupa

32. kolo – 23. 1. 2000
Jihlava - Chomutov 3:1 (1:0, 2:1, 0:0)
B: Mošna

33. kolo – 26. 1. 2000
Chomutov - Písek 9:4 (4:1, 5:0, 0:3)
B: Stavenský 2, Jíra 2, Gombár, Boušek, Šíp, Hájek, Mikšovic

34. kolo – 29. 1. 2000
Chomutov – Šumperk 8:3 (2:0, 3:2, 3:1)
B: Koláček 3, Mošna, Jor, Mikšovic, Gombár, Babka

35. kolo – 2. 2. 2000
Kometa Brno - Chomutov 1:2 (1:0, 0:1, 0:1)
B: Mikšovic, Šíp

36. kolo – 4. 2. 2000
Chomutov – Mělník 2:3 (1:1, 0:1, 1:1)
B: Bauer, Stavenský

37. kolo – 6. 2. 2000
Liberec - Chomutov 2:3 (0:0, 0:1, 2:2)
B: Boušek 2, Martínek

38. kolo – 9. 2. 2000
Beroun - Chomutov 5:2 (1:0, 2:0, 2:2)
B: Jíra, Mikšovic

39. kolo – 13. 2. 2000
Chomutov - Jihlava 7:3 (2:0, 2:2, 3:1)
B: Šíp 4, Koláček 2, Gombár

40. kolo – 16. 2. 2000
Písek - Chomutov 4:2 (2:1, 0:0, 2:1)
B: Plaček, Jíra

PLAY OFF
1. čtvrtfinále – 23. 2. 2000
Chomutov – Opava 5:1 (3:0, 0:0, 2:1)
B: Martínek, Šíp, Jíra, Stavenský, Boušek

2. čtvrtfinále – 24. 2. 2000
Chomutov – Opava 5:2 (2:1, 1:0, 2:1)
B: Jíra 2, Štelcich, Plaček, Stavenský

3. čtvrtfinále – 26. 2. 2000
Opava - Chomutov 3:1 (3:0, 0:0, 0:1)
B: Gombár

4. čtvrtfinále – 27. 2. 2000
Opava - Chomutov 1:3 (0:1, 0:1, 1:1)
B: Koláček 2, Boušek

1. semifinále – 4. 3. 2000
Chomutov – Mělník 5:3 (3:1, 1:2, 1:0)
B: Boušek, Stavenský, Gombár, Koláček, Štelcich

2. semifinále – 5. 3. 2000
Chomutov – Mělník 3:0 (1:0, 1:0, 1:0)
B: Jíra, Šíp, Koláček

3. semifinále – 7. 3. 2000
Mělník - Chomutov 0:2 (0:0, 0:1, 0:1)
B: Koláček 2

1. finále – 13. 3. 2000
Chomutov – Jihlava 5:2 (3:0, 1:0, 1:2)
B: Šíp, Štelcich, Boušek, Stavenský, Jíra

2. finále – 14. 3. 2000
Chomutov – Jihlava 6:0 (0:0, 3:0, 3:0) – B: Martínek, Jor, Gombár, Stavenský, Ťupa, Jíra

3. finále – 16. 3. 2000
Jihlava - Chomutov 2:0 (0:0, 1:0, 1:0) 

4. finále – 17. 3. 2000
Jihlava - Chomutov 6:2 (1:1, 3:1, 2:0)
B: Koláček 2

5. finále – 19. 3. 2000
Chomutov – Jihlava 2:4 (0:1, 1:1, 1:2)
B: Gombár, Mikšovic